Un sistema open source nel campo delle simulazioni molecolari, una comunità di scienziati pronti a lavorare insieme per favorire la trasparenza, la riproducibilità e la qualità in questo ambito. E una nuova piattaforma per rendere tutto questo realtà. Nato 10 anni fa, PLUMED è un plugin creato da un ristretto gruppo di ricercatori per fornire metodi diversi nel campo della dinamica molecolare, quella sorta di microscopio computazionale che rappresenta oggi una delle pratiche più di frontiera della ricerca, con applicazioni che vanno dalla fisica alla chimica, dalla biologia alle scienze dei materiali. Quel progetto, che oggi si racconta con un articolo pubblicato su “Nature Methods”, si allarga ora in nuove iniziative volte a espanderne le potenzialità.
Prima fra tutte il PLUMED Consortium, la cui missione è quella di massimizzare l’impatto e la condivisione della ricerca nel settore grazie, in particolare, a uno strumento, il PLUMED-NEST repository, sorta di archivio dove tutti i membri potranno inserire tutti i dati, i file e i protocolli necessari a replicare le simulazioni presenti nelle diverse pubblicazioni scientifiche. Con un ovvio vantaggio in termini di innovazione, unione dei saperi e formazione delle nuove leve di studiosi. L’articolo pubblicato sulla prestigiosa rivista porta la firma dal PLUMED Consortium che vede tra i suoi principali promotori Massimiliano Bonomi dell’Istituto Pasteur di Parigi, Giovanni Bussi della SISSA, Carlo Camilloni dell’Università di Milano e Gareth A. Tribello della Queen’s University of Belfast. (Immagine: neepix.com)