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Il Consiglio di Amministrazione ha funzioni di approvazione dell'indirizzo strategico e della programmazione finanziaria annuale e triennale e del personale, nonché di vigilanza sulla sostenibilità finanziaria delle attività.

Spetta al Consiglio di Amministrazione:

• approvare, su proposta del Direttore, la programmazione finanziaria annuale e triennale e del personale; approvare, su proposta del Direttore, il bilancio di previsione annuale e triennale, il conto consuntivo e il documento di programmazione triennale, previo parere del Senato accademico per gli aspetti di sua competenza;
• esprimere un parere sui regolamenti che disciplinano la didattica, la ricerca, e la gestione dei relativi finanziamenti;
• deliberare, su parere conforme del Senato Accademico, l'istituzione, la modifica o la soppressione di Corsi di Ph.D.;
• deliberare, su parere conforme del Senato Accademico e del Consiglio della Scuola, l'istituzione, la modifica o la soppressione di Aree Scientifiche;
• deliberare, su parere conforme del Senato Accademico, in merito all'istituzione di nuovi posti di professore di prima e seconda fascia e di ricercatore, e di nuove posizioni di insegnamento e di ricerca a tempo determinato;
• deliberare, su parere conforme del Consiglio della Scuola, in merito alle chiamate di professori di prima e seconda fascia e di ricercatori;
• deliberare, su parere conforme del Senato Accademico, in merito ai posti di allievo, alle altre borse di studio e agli assegni e contratti di ricerca; 
• deliberare sulla tipologia dei contratti di ricerca che danno titolo all'inclusione nella categoria del personale di ricerca, di cui all’art. 2, comma 11, ai fini dell’elettorato attivo e passivo per l’elezione dei rappresentanti in Senato Accademico e nei Consigli di Area;
• deliberare, sentito il parere del Senato Accademico, sull'assunzione di personale tecnico amministrativo;
• approvare il Regolamento Generale della Scuola per l’Amministrazione, la Finanza e la Contabilità nonché gli altri regolamenti di carattere amministrativo e gestionale;
• approvare, su parere conforme del Senato Accademico, l’istituzione di specifici percorsi formativi individuando i relativi finanziamenti a carico della Scuola, di altri enti e/o degli stessi partecipanti; 
• conferire e revocare l’incarico di Segretario Generale, su motivata proposta del Direttore e sentito il parere del Senato Accademico;
• deliberare, su proposta del Direttore, in merito al componente del Collegio dei Revisori dei Conti designato dalla Scuola;
• designare un membro del Collegio di Disciplina;
• approvare la nomina dei membri del Nucleo di Valutazione diversi dal rappresentante elettivo degli allievi;
• deliberare in ordine ad eventuali indennità di carica e di partecipazione a organi collegiali;
• deliberare su contratti e convenzioni che comportino oneri finanziari per la Scuola, su parere conforme del Senato Accademico per quanto riguarda quelli relativi all'attività didattica o di ricerca;
• esercitare le competenze disciplinari relativamente ai professori e ricercatori universitari;
• istituire, attivare e disattivare eventuali strutture interdisciplinari, su proposta del Senato Accademico;
• esprimere parere favorevole sul Codice Etico;
• trasmettere al Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca e al Ministero dell'Economia e delle Finanze sia il bilancio di previsione annuale e triennale sia il conto consuntivo;
• approvare tutti gli atti che rientrano nelle competenze attribuitegli dalla legge, dallo Statuto e dai regolamenti della Scuola.

Il Consiglio di Amministrazione può inoltre deliberare in merito alla partecipazione a spese per l'erogazione di servizi collettivi tra cui mense, alloggi, trasporti, nonché interventi atti a promuovere attività culturali e ricreative.

Sono membri del Consiglio di Amministrazione :

• il Direttore, che lo presiede;
• due rappresentanti elettivi degli allievi dei Corsi di Ph.D.;
• 7 componenti, italiani o stranieri, in possesso di comprovata competenza in campo gestionale ovvero di un'esperienza professionale di adeguato livello, con una necessaria attenzione alla qualificazione scientifica e culturale, individuati a seguito di procedure di selezione disciplinate da apposito regolamento, dei quali:
  • due membri esterni di cui uno proposto dalla Regione Friuli Venezia Giulia;
  • quattro docenti universitari, di cui uno può essere esterno alla scuola, designati dal direttore su una rosa proposta dal Senato Accademico;
  • un componente del personale tecnico amministrativo della Scuola.

I membri esterni non possono aver fatto parte dei ruoli della Scuola nei tre anni precedenti alla designazione e non possono farne parte per tutta la durata dell'incarico. I componenti del Consiglio di Amministrazione sono nominati con decreto del Direttore.

Il Segretario Generale partecipa alle riunioni del Consiglio di Amministrazione senza diritto di voto. Il Vicedirettore partecipa alle riunioni del Consiglio di Amministrazione e ha diritto di voto in caso di assenza o impedimento del Direttore.

Il Consiglio di Amministrazione si riunisce su convocazione del Direttore, ovvero quando ne faccia richiesta almeno un terzo dei suoi componenti.