A due giorni dalla visita del Capo dello Stato, brutte notizie per la SISSA dal decreto ministeriale sulla programmazione delle università 2019-2021 e dal decreto sul Fondo di Finanziamento Ordinario 2019, una delle principali fonti di entrata per gli atenei italiani. Secondo le prime analisi delle tabelle in circolazione, la Scuola subisce un ulteriore taglio di circa mezzo milione di euro. Una diminuzione che già in sede di approvazione di bilancio provvisorio implica la riduzione di attività cruciali soprattutto tra quelle rivolte al territorio. Questo nonostante la SISSA sia stata recentemente eletta la migliore università italiana e la settima in Europa tra quelle fondate negli ultimi cinquant'anni secondo una classifica stilata dalla rivista Nature. Questo nonostante la SISSA abbia ottenuto dal 2007, 23 prestigiosi finanziamenti dallo European Research Council. Questo nonostante il Presidente della Repubblica solo meno di quarantottore fa abbia detto alla comunità della SISSA: "Grazie per quello che fate".
I parametri che hanno portato ad abbassare la quota premiale della SISSA di circa 0.5 milioni di euro si inseriscono in un quadro che penalizza aspetti caratteristici della ricerca d'eccellenza, quali ad esempio l'indipendenza degli scienziati responsabili dei vari progetti. Questi stessi aspetti hanno portato la SISSA a risultati di altissima qualità in termini di finanziamenti prestigiosi e riconoscimenti internazionali, assicurando allo stesso tempo una formazione dei dottorandi e dei giovani ricercatori di livello assoluto. La SISSA, nonostante gli sforzi di bilancio e una clausola di salvaguardia che riduce pro quota il finanziamento delle borse (ad oggi una media rispetto al 2015 -1,2 ml su base annua), si trova quindi a competere in situazione di grande svantaggio rispetto agli altri Istituti ad ordinamento speciale