Coordinatore:
Claudio Altafini (SISSA, Trieste)
Docenti:
Claudio Altafini (SISSA, Trieste)
Franco Blanchini (Univ. di Udine)
Eugenio Cinquemani (INRIA, Grenoble)
Carlo Cosentino (Univ. Magna Grecia, Catanzaro)
Giuseppe De Nicolao (Univ. di Pavia)
Obbiettivo:
Nell'ambito delle scienze biologiche, uno dei trend che si e' drasticamente accentuato nell'ultimo decennio e' il tentativo di passare da una analisi puramente descrittiva ad una quantitativa (o almeno semi-quantitativa) dei processi biologici.
Cio' e' stato favorito dall'avvento delle tecnologie cosidette "omics" (genomics, proteomics, metabolomics), e, piu' in generale, dalla crescita esponenziale nella capacita' di osservare e di monitorare i dettagli molecolari di un sistema biologico.
La Systems Biology si occupa per l'appunto di costruire modelli quantitativi per sistemi biologici di varia natura, complessita' e grado di risoluzione. Si spazia da modelli cinetici accurati per specifiche pathway di segnalazione o per specifici circuiti genici, fino a modelli sulla scala di un intero genoma (necessariamente meno accurati) o dell'intero metabolismo di un organismo.
L'obbiettivo del corso e' di presentare alcune delle metodologie comunemente utilizzate nell'ambito della systems biology, utilizzando un approccio formale per quanto possibile ispirato alla teoria dei sistemi ed al formalismo dei sistemi dinamici familiare agli studenti di dottorato dell'Automatica. Anche i problemi che verranno affrontati nel corso (proprieta' strutturali, stabilita', identificazione, regolazione) sono scelti in modo tale da essere di interesse agli studenti di Controlli Automatici.
Programma dettagliato: Scarica qui
Prerequisiti:
Conoscenze di base di teoria dei sistemi (lineari e nonlineari). Per seguire le lezioni non sono necessarie conoscenza specifiche in ambito biologico.
Modalita didattiche:
Le lezioni verranno tenute per quanto possibile alla lavagna. Materiale didattico e di approfondimento verra' messo a disposizione degli studenti.
Materiale didattico:
Modalita dell'esame:
Per chi lo desideri c'e` la possibilita' di sostenere un esame e di ricevere i crediti relativi. L'esame consistera' nello scrivere un report su uno dei "progetti" proposti, inspirati da quanto presentato a lezione o da argomenti correlati. La maggior parte dei progetti sono su articoli tratti dalla letteratura. Allo studente viene chiesto di leggere, comprendere il problema e la sua soluzione (se necessario approfondendo un argomento oltre quanto visto a lezione). Nella maggior parte dei casi e' utile che il modello venga simulato numericamente ed i risultati dell'articolo riprodotti. Il report (di qualche pagina) deve dimostrare il grado di comprensione dell'argomento.
Il lavoro va svolto individualmente.
Viste le esperienze degli anni passati, viene chiesto tassativamente di sottomettere il report entro la fine di Settembre 2013.
